A Főigazgatóság kiemelt feladatai:
- a gazdasági főigazgató feladatainak ellátásához szükséges feltételek, körülmények, rendszerszemléletű működés biztosítása,
- az Egyetem decentralizáltan gazdálkodó szervezeti egységei gazdálkodásának felügyelete,
- egyedi, kiemelt projektek lebonyolításának koordinálása, ellenőrzése,
- kapcsolattartás, kommunikáció, értekezleteken részvétel az egyetemi vezetéssel, központi szervek, klinikák, intézetek vezetőivel, gazdasági vezetőkkel, minisztériumokkal, hatóságokkal, szállítókkal,
- az Egyetem gazdálkodásának tervezése, a gazdálkodási folyamat ellenőrzése,
- az Egyetem által alapított gazdasági társaságok alapításának előkészítése és koordinálása, működésük felügyelete,
- adatszolgáltatási kötelezettségek rendszeres teljesítése.

A gazdasági főigazgató és titkársága feladata továbbá a Szenátus, és a Gazdasági Tanács ülései anyagainak előkészítése az alábbi témákban:

• intézményfejlesztési terv,
• költségvetés és beszámoló,
• számviteli rend,
• fejlesztések indítása,
• gazdálkodó szervezet alapítása, részesedés szerzés, együttműködés,
• ingatlan vagyon hasznosítása, elidegenítése,
• hitelfelvétel,
• együttműködés más felsőoktatási intézménnyel,
• az Egyetem szervezetének átalakítása, szervezeti egység létesítése, megszüntetése.